Tiền thân của Khoa Khoa học cơ sở là Tổ Toán cơ bản, được thành lập vào năm 1976 và sau đó đổi tên là Bộ môn Toán cơ bản, trực thuộc Khoa Toán Kinh tế, Trường Đại học Kinh tế Quốc dân. Đến ngày 09 tháng 05 năm 2024, Khoa Khoa học cơ sở chính thức được thành lập trên cơ sở tách Bộ môn Toán cơ bản thành một đơn vị độc lập, trực thuộc Trường Công nghệ – đơn vị thành viên của Đại học Kinh tế Quốc dân.

Trải qua 5 thập kỷ hình thành và phát triển, các cán bộ giảng viên Khoa Khoa học cơ sở đã có những đóng góp quan trọng kiến tạo những nền tảng giá trị của Đại học Kinh tế Quốc dân. Tập thể cán bộ giảng viên của Khoa đã không ngừng phấn đấu, học hỏi để trau dồi chuyên môn, nâng cao năng lực nghiên cứu khoa học và đã gặt hái nhiều thành tích nổi bật trong đào tạo và nghiên cứu khoa học. Với đội ngũ gồm 19 cán bộ giảng viên cơ hữu có trình độ chuyên môn cao, giàu kinh nghiệm giảng dạy và nghiên cứu, bao gồm 01 phó giáo sư, 09 tiến sỹ, 08 thạc sỹ và 01 cử nhân, được đào tạo bởi các cơ sở giáo dục uy tín trong và ngoài nước, Khoa Khoa học cơ sở sẽ tiếp tục khẳng định vị thế, có đóng góp và cống hiến nhiều hơn nữa cho sự phát triển của Đại học Kinh tế Quốc dân, cho sự nghiệp giáo dục đào tạo của Việt Nam.